Am Bau des Hochchores (und Wiederaufbau des Querschiffs) war der Norder Häuptling und spätere ostfriesische Reichsgraf Ulrich I. aus dem Haus Cirksena maßgeblich beteiligt; sein Wappen ist in den Schlusssteinen des Vierungsgewölbes und des östlichen Chorgewölbes zu finden. Der Hochchor hat in der Mitte eine lichte Höhe von 22 Metern und ist damit deutlich höher als das Querschiff. Der Grundriss des Hochchores gleicht dem des 1443 fertiggestellten Chorbaus der Martinikirche in Groningen, der lediglich noch etwas höher gestreckt ist. Beide Bauten haben einen Chorumgang mit zwei Altarnischen und im Osten den sechsseitigen Chorabschluss mit einem Pfeiler in der Mittelachse. Die Arkadenbögen werden von mächtigen Rundpfeilern getragen. Die Bogenreihe wiederholt sich in den darüber liegenden Blendarkaden und wird auch durch die Fensterreihe des Obergadens aufgenommen.
Die Zweiteilung des gesamten Kirchenraumes ergab sich nach der Reformation durch den damaligen gottesdienstlichen Gebrauch mit Predigtgottesdienst von der Kanzel aus und Abendmahlsgottesdienst am Hochaltar und wurde durch den Einbau des Fürstenstuhls noch verstärkt.
Heute wird im Lang- und Querschiff um die Kanzel und den in der Vierung aufgestellten Altar der sonntägliche lutherische Hauptgottesdienst (mit Abendmahl) gefeiert, während der Hochchor für Trauungen, Taufen und Andachten genutzt wird.
Die Ausstattung des Hochchores stammt weitgehend noch aus vorreformatorischer Zeit;
die beiden bunten Fenster im Obergaden am Ostende des Chores mit der Darstellung der vier Evangelisten erst von 1901.